本局表示，依所得稅法第39條規定，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益中扣除後，再行核課。
      本局說明，依據財政部66年3月9日台財稅第31580號函釋規定，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前10年各期虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
      本局舉例說明，甲公司105年度獲配不計入所得額課稅之股利淨額200萬元，該年度經稽徵機關核定虧損為800萬元，另106年度純益額為1,200萬元。依前揭規定，該投資收益仍屬營利事業之收益，為正確計算營利事業之確實虧損金額，於計算虧損扣除金額時，應將該投資收益自核定虧損金額減除後，再行適用所得稅法第39條之規定。故甲公司自106年度純益額中扣除105年度核定虧損時，應將上述不計入所得額課稅之股利淨額200萬元，自該年度核定虧損800萬元中抵減後，再以其虧損之餘額600萬元，自106年度純益額1,200萬元中扣除。
      本局呼籲，公司適用盈虧互抵規定，應將虧損年度不計入所得額課稅之股利淨額先行抵減核定虧損後，再以餘額自本年度純益額中扣除，以免遭稽徵機關調整補稅及加計利息。

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