財政部臺北國稅局表示，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定之盈虧互抵時，虧損年度如有取得同法第42條規定不計入所得額課稅之投資收益者，其虧損金額應先減除虧損年度之投資收益後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除；其申報虧損扣除額如與規定可扣除數有差異而補徵稅款，應另依同法第100條之2規定加計利息一併徵收。
該局舉例說明，甲公司111年度營利事業所得稅結算申報，列報「前10年核定虧損本年度扣除額」新臺幣（下同）1,000萬元，係110年度核定之虧損1,000萬元（即核定課稅所得額-1,000萬元）。惟查甲公司110年度另有因投資國內其他營利事業而獲配不計入所得額課稅之投資收益1,200萬元，爰核定111年度准予虧損扣抵之餘額為0元（1,000萬元-1,200萬元，因小於0，以0計），乃調增課稅所得額1,000萬元，並補徵稅款200萬元（1,000萬元X稅率20%）及加計利息一併徵收。
該局提醒，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定之盈虧互抵，應注意虧損年度是否有應先抵減核定虧損數之不計入所得額課稅投資收益，避免因申報錯誤而發生需補徵稅款及加計利息之情形。
（聯絡人：營所稅組蔡審核員；電話2311-3711分機1261）