政部臺北國稅局表示，常有營業人詢問開立統一發票後，不小心遺失發票存根聯，以及遺失取得之統一發票扣抵聯、收執聯，有無補救方法？
該局說明，統一發票使用辦法第23條規定，營業人遺失空白未使用之統一發票者，應即日敘明原因及遺失之統一發票種類、字軌號碼，向主管稽徵機關申報核銷。營業人遺失已開立統一發票存根聯，如取得買受人蓋章證明之原收執聯影本者，得以收執聯影本代替存根聯。營業人遺失統一發票扣抵聯或收執聯，如取得原銷售營業人蓋章證明之存根聯影本，或以未遺失聯之影本自行蓋章證明者，得以影本替代扣抵聯或收執聯作為進項稅額扣抵憑證或記帳憑證。依此，營業人遺失已開立之統一發票存根聯，或遺失取得之統一發票扣抵聯、收執聯，均得向買受人（銷售人）取得原統一發票收執聯（存根聯）影本，並經由買受人（銷售人）蓋章證明，以影本代替作為記帳（進項)憑證。
該局舉例，甲公司銷售貨物一批予乙公司，開立銷售額100萬元、稅額5萬元、買受人為乙公司之統一發票，甲公司卻不小心將發票存根聯遺失，旋即與乙公司聯繫，並取得乙公司蓋章證明之收執聯影本來代替遺失之存根聯。嗣甲公司雖被查獲遺失發票存根聯涉及未依規定保存憑證，原應依稅捐稽徵法第44條規定，就銷售額之5%裁處罰鍰5萬元，惟因甲公司已取得與原應保存憑證相當之證明，即免依稅捐稽徵法第44條規定處罰。
該局提醒，營業人遺失統一發票時，應依前揭規定辦理，以免遭受處罰。該局同時呼籲，為降低遺失統一發票造成之風險，營業人應儘速導入使用電子發票。因為電子發票之開立或接收均在雲端進行，發票資料儲存於雲端，安全有保障。
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