依據所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構在我國境內者，應就其境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自我國境外之所得，已取得合法納稅憑證者，可自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。
      舉例說明，本局轄區Ａ公司103年度營利事業所得稅結算申報，以大陸地區子公司(B公司)之納稅憑證，列報在大陸地區可扣抵稅額440萬元，本局以B公司具獨立法人人格，其在大陸地區申報及繳納之所得稅，並非所得稅法第3條第2項規定之分支機構（如分公司或辦事處等）可扣抵我國營利事業所得稅之範疇，否准認列。Ａ公司不服，主張係透過B公司代收代付收取權利金，且該權利金收入已如實納入營利事業所得稅申報，並取具在大陸地區繳納440萬元所得稅之證明文件，應准予自應納稅額中扣抵云云，申經復查未獲變更，提起訴願及行政訴訟均遭駁回在案。
      提醒，所得稅法第3條第2項規定，係指營利事業之總機構在我國境內者，應就其在我國境內境外之全部營利事業所得（含總機構及分支機構境內外所得），合併課徵營利事業所得稅，分支機構境內外繳納之所得稅，已取得合法納稅憑證，自總機構全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵；而子公司具獨立法人人格，係另一個別納稅主體，並非上開規定之分支機構，兩者顯有區別。公司於申報營利事業所得稅時，應特別注意，以免被調整補稅。

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